A Doktorandusz Önkormányzat a doktori tanulmányokat folytató hallgatók nemzeti felsőoktatási törvényben deklarált érdekképviseleti szervezete. Ellátja mindazon feladatokat, amelyeket a graduális képzésben részt vevő hallgatók számára a Hallgatói Önkormányzat lát el. Ennek keretében a doktoranduszok érdekképviselete mellett a doktoranduszok számára rendezvényeket, konferenciákat szervez, részt vesz a Doktoranduszok Országos Szövetsége (DOSZ, http://dosz.hu/ ) munkájában, kapcsolatokat épít más hazai és külföldi felsőoktatási intézmények doktorandusz szervezeteivel.

A Pannon Egyetem Doktorandusz Önkormányzata (PEDÖK) szervezeti felépítését tekintve összegyetemi szinten, doktori iskolánként látja el érdekképviseleti tevékenységét. Mindezek mellett egy alulról építkező, demokratikus felépítésű szervezet, mivel a Pannon Egyetemen működő doktori iskolák választott képviselőiből áll a PEDÖK legfőbb szerve, a Küldöttgyűlés. A Doktorandusz Önkormányzatnak tagja lehet a Pannon Egyetem minden, valamely doktori iskolába beiratkozott doktorandusz hallgatója.